La vie nous joue parfois de drôles de tours... Le Docteur allait l'apprendre à ses dépens. A peine sorti des griffes de la Grande Intelligence, d'avoir sauvé Clara, que sa faiblesse le fait plusieurs fois tituber avant de revenir à son TARDIS. Tardis qui est de mauvais humeur, mais Le Docteur n'est pas d'humeur à l'écouter... Il retourne sur Terre en 2012 et dépose Clara chez elle, avec tout de prêt, comme si elle n'était jamais partie... Il remonte dans son TARDIS et il entend un rire qui lui rappelle celui de la Grande Intelligence...
Soudain le TARDIS se cabre, il devient incontrôlable, tout explose, tout étincelle! Le Docteur n'est pas assez fort, il n'arrive pas à reprendre le dessus... Il tombe après un violent impact et c'est le trou noir...

Quelque part dans le monde, un petit groupe de personnes décident de revenir où tout a commencé... Cardiff, la ville sur une faille temporelle, ils veulent se rétablir là-bas, Torchwood est de retour et ce n'est pas près de changer, mais ils vont devoir agir de manière complètement fantôme, comment s'en sortiront, l'avenir nous le dira.
Partons maintenant plus loin, très loin, dans les bas-fonds de l'univers... Des anciens ennemis du Docteur sont bels et biens vivant et sentent qu'il est très affaibli... Ils ne savent pas encore, que c'est le Docteur qui involontairement les a ramené à la vie... Tout est à refaire, les empires Cybermen, Daleks, Sycorax, et j'en passe, sont de nouveaux en service, dispersés aux quatre coins du firmament... Et ils ne sont pas les seuls à être revenus pour se venger!
Sorti on ne sait comment, le Master aussi va refaire un retour sur Terre et essayer de se venger de son ennemi de toujours... Mais il va rencontrer un autre adversaire, plus cruel et plus dangereux que lui-même et qui va l'obliger à s'allier à ceux qui veulent détruire cette ombre qui n'est pas censé être personnifié, qui n'est pas censé être là... La Grande Intelligence! Elle qui a fondé un ordre pour détruire le Docteur et ainsi éviter qu'il ne tue encore...

Le Docteur introuvable, sa fidèle équipe va se mettre à sa recherche. Elle est constituée de quatre de ses suiveurs invétérés: deux humaine, un sontarien ramené à la vie, et une silurienne en quête de repentance... Mais le Docteur reste introuvable jusqu'à l'apparition d'une mystérieuse jeune fille...
D'autres anciens compagnons du Docteur vont refaire leur apparition... Tout droit sortis d'une faille temporelle, Rory et Amy se demandent comment ils peuvent être encore en vie, alors qu'ils étaient morts, tués par un Weeping Angel... River Song, encore plus "pile électrique que d'habitude, mais fantomatique, cherche elle aussi son Docteur et elle va appeler Martha Jones etr Rose Tyler à l'aide...
Quant à Donna Noble...Les souvenirs reviennent, et une révélation va lui être faite quand elle croisera le chemin de la mystérieuse vampire...
LA Grande Intelligence se rapproche du but, le Docteur aussi vulnérable que possible et amnésique, sa victoire semble inéluctable... Il a le pouvoir, les alliés dans tous les univers, et surtout une GRANDE longueur d'avance sur le Docteur...
Quel camp choisirait vous? Serez vous de ceux qui veulent détruire le Docteur, où de ceux qui vont l'aider à combattre la menace qui plane sur l'Univers?