L'histoire se passe en 1512, Ezio, l'Espagnol ainsi que les autres héros étaient désormais mort. Les deux chef de factions sont maintenant mort, plus aucun templiers ni d'assassins n'étaient vivant a présent du moins c'est ce que l'on pensaient, mais récemment, les italiens apprirent que ses deux factions n'étaient pas complètement morte, eh oui apparemment il restait encore des templiers et des assassins qui voulaient continuer la quête pour obtenir les fragments d'Eden et ainsi être plus puissant que jamais, de nouveau chef avaient maintenant pris le contrôle de ces deux factions redoutable. Ce que l'on sait c'est que les deux rivaux c'étaient chacun dénicher un nouveau quartier général pour préparer et contrecarrer les plans de l'ennemie, les assassins se trouvaient maintenant à une des plus grande ville d'Italie : Florence. Dans l'ancienne maison des Auditore ou le chef des templier avait acheter la propriété anciennement celle d'un grand assassin. Les templier eux c'étaient regrouper à Venise dans une vielle maison en plein centre de la ville.

Tendit que les deux Organisations s'affrontèrent, à Florence on annonce le RETOUR des MEDICIS autrefois l'une des plus grande famille de la ville, qui fut expulser soumis au émeutes des florentins. Mais cette famille revient en force, eh oui, les Habsbourg annonce non seulement le retour des Médicis mais aussi que Leon X, second fils de Laurent, prend la tête de la ville en devenant pape ! Il choisi les autres membre de sa famille pour le succéder, la ville est maintenant sous une dictature !

Mais aujourd'hui encore, les Médicis s'intéresse de nouveau aux fragments d'Edden qui pourraient leur donner un pouvoir encore plus puissant que celui qu'ils possèdent actuellement. Ils décident alors de créer une nouvelle organisation qui va s'appeler " Les Narvis " mais ne croyez pas que cette nouvelle factions n'est moindre par rapport au autres, souvenez vous, les Médicis avaient des connaissance autrefois d'assassins et de templier, donc il connaissent plus ou moins leur façon de procéder. Mais on aussi des indices sur les fragment d'Eden ! Ils on fait bien plus de recherche que vous ne le pensez sur ces objet unique au monde...