Quelques mois, c'est tout ce qui avait fallu aux Lyoko-Guerriers et à XANA pour vaincre l'organisation qui avait pour but de fusionner Lyoko et le monde réel. Tout ceci avait été vain pour eux. L'alliance entre Lyoko-Guerriers et Guerriers de XANA avait anéanti WAZA mais tout cela n'avait pas mis fin à la rivalité entre XANA et Lyoko-Guerriers. Les combats continuent entre eux et éteindre le Supercalculateur ne changerait rien. XANA a profité de l'occasion passée pour s'enfuir du Supercalculateur pendant que les héros combattaient WAZA.

Les Guerriers de WAZA ne sont plus qu'une minorité désormais. XANA étant parvenu a détruire leur chef, leur supercalculateur mais ceux qui restent peuvent très bien faire réapparaître cette organisation ou en créer une totalement nouvelle. Les territoires de Lyoko se sont régénérés et sont comme neufs, cependant, XANA a décidé d'étendre son pouvoir dans la mer numérique. Les Lyoko-Guerriers doivent trouver un moyen de le suivre partout où il va mais c'est une chose qui semble être difficile. Si XANA active des tours qui ne sont pas sur Lyoko, la mission des Lyoko-Guerriers va devenir un vrai cauchemar. Stan, le garçon qui gère le Supercalculateur en ce moment même pense qu'il faut récolter un maximum de données pour le moment. Néanmoins, il ne sait pas que l'humanité est menacée par quelque chose d'autre. Lorsque WAZA a été anéanti, elle avait en sa possession deux des quatre territoires ceux de la banquise et de la forêt. Leur objectif avait été atteint au quart. Maintenant, les forêts de toute taille ainsi que les grands glaciers du monde possèdent des failles. Elles relient le monde réel et Lyoko. N'importe quel humain peut s'y rendre mais n'importe quelle créature de XANA peut se rendre sur Terre. En revanche, passé par ses failles dans le monde entier signifie aussi ne plus être un humain a part entière. Ces gens sont appelés des Guerriers Alpha. Les retours vers le passé ne fonctionnent pas sur eux. Leur mission est d'anéantir complètement les Lyoko-Guerriers mais aussi XANA, ils n'ont pas d'autres objectifs.

A chaque fois qu'ils sont renvoyés sur Terre, la faille par laquelle ils sont arrivée se referme automatiquement et s'ils veulent revenir, ils doivent en trouver une autre ce qui n'est pas un réel problème car les failles sont extrêmement nombreuses. Ils peuvent activer les tours pour augmenter le nombre de failles dans le monde.

La bataille continue, les Lyoko-Guerriers doivent garder la paix sur Terre tandis que XANA cherche à l'asservir encore et toujours. Les tours sont souvent activées soit par XANA soit par les Guerriers Alpha. Chaque camp dispose de son propre objectif et fera tout pour y arriver. Désactivez les tours ou activez-les pour votre profit. Observez les mouvements de vos ennemis afin de ne pas les perdre de vue. Trouvez un moyen de suivre XANA dans la mer numérique et essayez tant bien que mal de le détruire.

Bienvenue dans la seconde partie de Code Lyoko Alliance, renommée Code Lyoko Evolution. Nous vous souhaitons bonne chance.