Nous sommes en 1259 dans la ville-forteresse de Masyaf, toujours protégée par le clan des Assassins. Celui-ci a récemment connu un triste événement avec le décès de son précédent chef, Altaïr Ibn-La'Ahad. Si le Mentor a rendu les armes depuis de nombreuses années, il a tenu à terminer la formation de son élève qui a récemment pris la tête de la Fraternité, suivant toujours les sages conseil de son prédécesseur et maître ainsi que les préceptes du Crédo qui les identifient afin d'acquérir l'expérience et la sagesse nécessaires à ce titre. Les Assassins ont quasiment réussi à apporter une paix durable dans la région en faisant couler le sang de ceux qui la menaçait mais quelques éléments perturbateurs encore vivants et déterminés se fondent toujours dans la masse, et les dénicher obligent les membres de la Fraternité à s'exposer davantage pour les localiser. De plus, les Templiers, possédant des moyens quasi illimités, menacent de resurgir en créant un nouvel Ordre, mieux organisé et plus néfaste encore pour tous ceux qui auraient l'audace de s'opposer à eux. Les effectifs des Assassins sont réduits, d'une part à cause des récentes pertes mais aussi des trahisons dont ils ont été victimes. Les recrutements nécessitent donc une étude plus attentive. Malgré cela, l'Ordre des Assassins tient bon, misant sur ses meilleurs éléments, menés par le dernier et plus prometteur élève du grand Altaïr, aidés par les découvertes inestimables de ce dernier mais il reste tout de même à déterminer ce qu'il adviendra d'eux..

C'est ici que vous entrez en jeu. Enfilerez-vous la tunique désormais légendaire des Assassins, l'armure d'un Templier, la tenue d'un Voleur ou d'un Mercenaire, la robe d'une Courtisane cherchant à s'entendre avec l'un des deux groupes ou bien d'autres encore ?